Wyspy Zewnętrzne obejmują natomiast niewielkie i wynurzające się nieznacznie ponad powierzchnię oceanu wyspy koralowe – fragmenty raf i atole. Rafy te powstały na wzniesieniach pochodzenia wulkanicznego. Do tychże wysp należą m.in.: archipelag Amiranty z 29 wyspami archipelag Farquhar z 13 wyspami archipelag Aldabra z 67 wyspami, w tym jednym z największych atoli na świecie – atolem Aldabra południowe wyspy koralowe archipelag Alphonse

Klimat Wyspy leżą w strefie klimatu równikowego wilgotnego morskiego. Pora chłodna występuje podczas monsunu południowo-wschodniego od maja do września, a pora cieplejsza podczas monsunu północno-zachodniego od marca do maja.

Przez cały rok utrzymują się wysokie temperatury o średnich wartościach od 24 do 30 °C. Wysokość nad poziomem morza ma wpływ na temperatury, które są niższe niż na terenach nisko położonych.

Deszcze padają bardzo często, a wiatry monsunowe wywierają na nie duży wpływ. Wielkość opadów różni się pomiędzy poszczególnymi wyspami – górskie stoki Mahé otrzymują ok. 3560 mm rocznie, a tereny nadmorskie ok. 2300 mm, natomiast roczne opady na nisko położonych atolach nie przekraczają 500 mm. Leżące bliżej równika Wyspy Wewnętrzne nie są narażone na cyklony, które często nawiedzają atole Aldabra i Assumption.