Wody Pomimo dużych opadów, ilość wód powierzchniowych na Wyspach Wewnętrznych jest niewielka, co wiąże się m.in. z rzeźbą terenu. Wszystkie rzeki na wyspach są krótkie i mają charakter potoków z licznymi wodospadami i progami. Atole pozbawione są wód słodkich i przez to niezamieszkane.
Gleby Na granitowych wyspach Seszeli występują trzy typy gleb. Pierwszy typ gleb to czerwone gleby ferralitowe i ubogie regosole. Gleby te wykształciły się na materiale krystalicznym, na zrównaniach i u podnóży nagich skał. Do drugiego typu gleb wchodzą eutroficzne gleby aluwialne, które wykształciły się głównie w dolinach rzek i strumieni. Trzecią grupę gleb stanowią gleby wykształcone na piaskach płaskowyżów, które pod względem właściwości są zbliżone do wapnistych regosoli, lub zdegradowanych rędzin. Charakterystyczną cechą gleb Seszeli jest ich słaba żyzność.
Gleby na atolach to w zasadzie tylko bardzo ubogie warstwy piaszczyste, które miejscami są słone. Warstwa glebowa na atolach ma także niewielką miąższość.
Flora i fauna thumb|200px|right|Las tropikalny we wnętrzu jednej z wysp archipelagu Seszeli thumb|200px|right|Dzbanecznik Perville'a thumb|200px|right|Owoce lodoicji seszelskiej Seszele charakteryzują się zróżnicowaną florą i fauną.