W czerwcu 1936 ks. inspektor postanowił posłać ks. Rudolfa do seminarium salezjańskiego w Lavrinhas jako spowiednika, w przeświadczeniu, że nikt nie będzie potrafił lepiej wychować młodych salezjanów do życia ofiarnego i świętego. Ks. Rudolf, przed spowiedzią i po niej długo się modlił. Jego konfesjonał zawsze otaczało wielu ludzi, którzy oczekiwali nie tylko rozgrzeszenia, ale też rady. Według relacji wiernych posiadał niezwykłą zdolność wyczucia grzechów penitenta, jeszcze przed ich wyznaniem. Według niektórych świadectw posiadał zdolność bilokacji, a w czasie odprawiania Eucharystii – lewitacjiPadre Santo – święty ksiądz, Salezjański Wolontariat Misyjny, 2011.
W styczniu 1941 stan zdrowia ks. Rudolfa zaczął budzić obawy przełożonych: męczył go nieustanny kaszel, został więc posłany do domu wypoczynkowego salezjanów w São José dos Campos. Lekarz stwierdził u niego zaawansowaną gruźlicę obu płuc. Choć sam chory, nadal pracował cały dzień w kościele, w przytułku dla starców i w sanatorium, wielu jego podopiecznych otrzymało Namaszczenie chorych od Santo Padre (pol. "Świętego kapłana") w obliczu śmierci, mimo ich wcześniejszej wrogości wobec Kościoła. Prosił, aby leki przeznaczone dla niego oddano ubogim.