Zmarł 11 grudnia 1949 o godzinie 23:20 trzymając duży krucyfiks w ręku, w sanatorium w São José dos Campos, prowadzonym przez siostry zakonne, przeżywszy 59 lat, z tego 26 jako członek Zgromadzenia Salezjańskiego. Spoczął na cmentarzu, gdzie obecnie jego mogiła jest ozdobiona niewysokim marmurowym krzyżem.
Ksiądz dyrektor Gastone Mendes, który udzielił mu ostatnich pociech religijnych, powiedział:
Patronat Szczególnym miejscem kultu Czcigodnego Sługi Bożego Rudolfa Komorka jest São Paulo.
Proces beatyfikacyjny Powszechna i zgodna opinia o jego świętości wpłynęła na stosunkowo szybkie rozpoczęcie procesu jego beatyfikacjiAkt diecezjalnego procesu beatyfikacyjnego ks. Komorka złożony, (ANS – Watykan: 7 grudnia) – Wicepostulator sprawy dotyczącej beatyfikacji i kanonizacji ks. Rodolfo Komorka SDB (1890–1949), w dniu 5 grudnia, przedstawił Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, akt diecezjalnego procesu w sprawie ewentualnego cudu przypisywanego wstawiennictwu czcigodnego sługi Bożego. W ten sposób rzymski etap procesu rozpoczęto i może on doprowadzić do beatyfikacji ks. Rodolfo. Wicepostulatorowi, ks. Reinaldo Barbosa de Oliveira, towarzyszyli, Postulator generalny – ks. Enrico dal Covolo, współpracownik Postulatura – ks. Luigi Fedrizzi i były prowincjał Prowincji Brazylijskiej São Paulo – ks. Antonio C. Altieri.