Pod wpływem Michela Petruccianiego Charles Lloyd powrócił na scenę w latach 80. Od 1989 koncertował aktywnie i nagrywał dla wytwórni ECM. Chociaż jego styl nie zmienił się znacząco od lat 60. w nowych nagraniach ujawniła się duża wrażliwość Lloyda jako wykonawcy utworów utrzymanych stylistyce balladowej. Do znaczących płyt z tego okresu należy zaliczyć Canto, Voice in the Night, The Water Is Wide (z udziałem następujących muzyków: Brad Mehldau, John Abercrombie, Larry Grenadier, Billy Higgins) oraz Lift Every Voice (z udziałem Geri Allen).
Został laureatem NEA Jazz Masters Award na 2015.
Dyskografia Jako leader Discovery! (1964, Columbia) Of Course, Of Course (1965, Columbia) Dream Weaver (1966, Atlantic) Charles Lloyd in Europe (1966, Atlantic) Forest Flower (1966, Atlantic) Love In (1967, Atlantic) Soundtrack (1968, Atlantic) Charles Lloyd in the Soviet Union (1970, Atlantic) MoonMan (1970, KAPP) Warm Waters (1971, KAPP) Waves (1972, A&M) Geeta (1973, A&M) Weavings (1978, Pacific Arts) A Night in Copenhagen (1984, Blue Note) Fish Out Of Water (1989, ECM) Notes From Big Sur (1992, ECM) The Call (1993, ECM) All My Relations (1994, ECM) Canto (1996, ECM) Voice In The Night (1999, ECM) The Water Is Wide (2000, ECM) Hyperion With Higgins (2001, ECM) Lift Every Voice (2002, ECM) Which Way Is East