right|260px| thumb|Ruch Chorzów – Jagiellonia Białystok (08.11.2009) thumb|Grzegorz Sandomierski Jagiellonia Białystok w sezonie 2009/2010 przystąpiła do rozgrywek piłkarskiej Ekstraklasy oraz Pucharu Polski (od 1/16). Podsumowanie sezonu Ekstraklasa: 11. miejsce Puchar Polski: Zdobywca Superpuchar: Zdobywca
I poziom rozgrywkowy Przed sezonem na Jagiellonię została nałożona kara 10 punktów ujemnych w związku z aferą korupcyjną w polskiej piłce nożnej. Drużynę prowadzi trener Michał Probierz.
Nagrody sezonu 2009/10 Kamil Grosicki – piłkarz miesiąca września. Grzegorz Sandomierski – piłkarz miesiąca października.
Afera korupcyjna Sprawa udziału Jagiellonii w aferze korupcyjnej przewija się przez Wydział Dyscypliny PZPN od 20 czerwca 2008, kiedy to wydział Prokuratury Krajowej we Wrocławiu przekazał część dokumentów dotyczących ustawienia 6 meczów II ligi sezonu 2004/05 przez ten klubsports.pl: Korona i Jagiellonia bliskie degradacji!. 26 czerwca WD odroczył do 1 lipca wydanie decyzji ws. klubu.. 10 lipca poinformowano o kolejnym przedłużeniu postępowania dyscyplinarnego wobec klubu oraz o zwróceniu się do ministra sprawiedliwości o pomoc w szybszym uzyskiwaniu kolejnych dokumentów z prokuratury..