12 lutego 2009 białostocki klub stał się dziesiątym zdegradowanym w aferze korupcyjnej. WD PZPN nałożył na niego karę degradacji o jedną klasę rozgrywkową w następnym sezonie po uprawomocnieniu się orzeczenia za pięć czynów przestępstwa sportowego90minut.pl: Jagiellonia zdegradowana.. 24 marca 2009 klub złożył odwołanie od tej decyzji90minut.pl: Jagiellonia odwołuje się od decyzji WD.. 29 kwietnia 2009 uchylono karę degradacji, przyznając klubowi w następnym sezonie 10 ujemnych punktów oraz karę 300 tys. zł.
Końcowa tabela Ekstraklasy Drużyna Bramki Uwagi1 Lech Poznań 30 19 8 3 5120+31 65 LM - IIrun.2 Wisła Kraków (m) 30 19 5 6 4820+28 62LE - IIrun.3 Ruch Chorzów 30 16 5 9 4030+10 53LE - Irun.4 Legia Warszawa 30 15 7 8 3622+14 525 GKS Bełchatów 30 13 9 8 3727+10 486 Korona Kielce (b) 30 9 10 11 3541-6 377 Polonia Bytom 30 9 10 11 2931-2 378 Lechia Gdańsk 30 9 10 11 3032-2 379 Śląsk Wrocław 30 8 12 10 3233-1 3610 Zagłębie Lubin (b) 30 8 11 11 3038-8 3511 Jagiellonia Białystok (-10pkt.) 30 11 11 8 2927+2 34 LE - IIIrun.12 Cracovia 30 9 7 14 2539-14 3413 Polonia Warszawa 30 9 6 15 2538-13 3314 Arka Gdynia 30 7 7 16 2839-11 2815 Odra Wodzisław Śląski 30 7 6 17 2745-18 27Spadek do I ligi16 Piast Gliwice 30 7 6 17 3050-20 27 Jagiellonia Białystok została ukarana -10pkt.