W czasie okupacji hitlerowskiej wioślarki włączyły się do pracy konspiracyjnej. Dwie zginęły w niemieckich obozach zagłady, a kolejne dwie straciły życie z rąk gestapo. Czołowa zawodniczka BKW Irma Molska była natomiast łączniczką Armii Krajowej i w takiej roli brała udział w powstaniu warszawskim.
Okres powojenny Po wyzwoleniu Bydgoszczy w styczniu 1945 wioślarstwo kobiece odbudowano przy Bydgoskim Towarzystwie Wioślarskim. Jako członkinie BTW przechodziły wraz z tym klubem liczne reorganizacje, m.in. okres tzw. sportu zrzeszeniowego w latach 1949-1956. Po przełomie październikowym w 1956 zawodniczki utworzyły samodzielny Bydgoski Klub Wioślarek. Na czele klubu stanęła Jadwiga Maciejewska – pierwszy prezes BKW z 1927. Klub odzyskał również własną przystań, zajętą w latach 1945-1948 przez BKS Wodnik.
Po II wojnie światowej rozszerzył się zakres konkurencji, w jakiej mogły startować kobiety. Oprócz czwórek ze sternikiem, mogły startować na jedynkach, a od 1949 w dwójkach podwójnych ze sternikiem oraz ósemkach (najbardziej prestiżowej wioślarskiej konkurencji). Najczęściej dystans zawodów wynosił 1000, 1500 i 2000 metrów.