Ku wschodowi wyżyna ta stopniowo obniża się w kierunku wąskiego pasa nizin nadbrzeżnych nad Oceanem Indyjskim.
Środkową część Wyżyny Wschodnioafrykańskiej przecina z północy na południe Wielki Rów Wschodni. Wzdłuż zachodniej granicy kraju biegnie Wielki Rów Zachodni. W zachodniej części kraju, wzdłuż wschodnich brzegów Jeziora Tanganika, wyżyna jest lekko nachylona ku zachodowi, co warunkuje odpływ wód do dorzecza Konga i dalej do Oceanu Atlantyckiego.
Wzdłuż krawędzi Rowu Środkowoafrykańskiego ukształtował się system zrębowych pasm górskich o wysokościach przekraczających 2000 m n.p.m. Masywy te w większości są pochodzenia wulkanicznego. Wznoszą się tam , osiągające wysokość do 2980 m n.p.m., stanowiące stromą krawędź wyżyny opadającą ku Jezioru Malawi (znane też jako Niasa) oraz . ajwyższy szczyt tego regionu – ma 2960 m n.p.m.