Pełnił też funkcję Sekretarza Generalnego Rady Państwa.
Po zabójstwie prezydenta Ngouabi w marcu 1977 roku, Yhombi-Opango został głową państwa. Pełnił urząd przez niespełna dwa lata, do czasu kiedy został zmuszony do rezygnacji w lutym 1979.
Kolejny prezydent Denis Sassou-Nguesso oskarżył Yhombi-Opango o próbę stworzenia prawicowej frakcji PCT, w wyniku czego został objęty aresztem domowym. Oprócz tego wydalono go z partii, a także skonfiskowano jego majątek oraz 20 października 1979 został zdegradowany na ze stopnia generała. Sassou-Nguesso, który uzyskał reelekcję 10 listopada 1984 roku, zgodził się na uchylenie aresztu domowego wobec Yhombi-Opango, powołując się na interes narodowej jedności i pokoju.
W lipcu 1987 roku 20 oficerów zostało aresztowanych za rzekome spiskowanie zamachu stanu. Komisja badająca sprawę zajęła się także Yhombi-Opango i kapitanem Pierre Anga. W związku ze sprawą Yhombi-Opanga dostał we wrześniu 1987 nakaz aresztowania. 14 sierpnia 1990 Denis Sassou-Nguesso ogłosił amnestię dla wszystkich więźniów politycznych z okazji 30. rocznicy niepodległości Konga.