Yhombi-Opango, mimo politycznego pojednania się Kolélasa z Lissoubą podał się do dymisji 13 stycznia 1995. Lissouba, który wówczas miał problem w procesie powołania nowego rządu, namówił Opangę do pozostania na stanowisku i współpracę z przebudowanym rządem, w skład którego znalazło się czterech członków URD. Do zatwierdzeniu nowego rządu przez Opangę doszło 23 stycznia 1995. Podczas jego rządów kilku członków UPADS z grupy etnicznej Téke zażądało rezygnacji Yhombi-Opango, gdyż chcieli mieć na tym stanowisku swojego przedstawiciela, wykorzystując zarazem słabą pozycję premiera. W związku z tym Yhombi-Opango podał się do dymisji 23 sierpnia 1996. Prezydent Lissouba powołał wówczas Charlesa Davida Ganao na stanowisko premiera.
W czasie wojny domowej w Kongu, którą rozpoczął Denis Sassou-Nguesso, pozostający przez pięć lat w opozycji, Yhombi-Opango stanął po stronie obalonego w październiku 1997, prezydenta Lissouby. Przed rozpoczęciem działań wojennych, Sassou-Nguesso spotkał się z Yhombi-Opangą w maju 1997 w Owando, by poparł działania generała na rzecz obalenia prezydenta Lissouby. Po objęciu rządów przez generała Sassou-Nguesso, Yhombi-Opango zmuszony był do emigracji. Udał się do Wybrzeża Kości Słoniowej, następnie do Francji.