W połowie maja 1944 główne siły Floty Operacyjnej skoncentrowano w bazie na wyspie Tawi Tawi na Morzu Celebes w filipińskim archipelagu Sulu. Amerykanie, mając dane wywiadowcze o koncentracji japońskiej floty, wysłali na ten obszar okręty podwodne, które w drugiej połowie maja i na początku czerwca zatopiły tam 4 niszczyciele i 3 zbiornikowce, istotne dla dowożenia paliwa dla okrętów i samolotów. Szczególnie aktywny okazał się okręt podwodny USS „Harder”, który 6, 7 i 9 czerwca zatopił niszczyciele „Minazuki”, „Hayanami” i „Tanikaze”, ponadto prawdopodobnie uszkodził inne jednostki.
11 czerwca Amerykanie rozpoczęli bombardowanie wyspy Saipan w archipelagu Marianów, na północno-wschodnim krańcu Morza Filipińskiego, a 15 czerwca rozpoczęli operację desantową na Saipanie. Mimo że był to obszar położony na północ od miejsca preferowanego dla decydującej bitwy, admirał Toyoda nakazał 15 czerwca Flocie Operacyjnej zaatakować Amerykanów w rejonie Marianów i zniszczyć siły inwazyjne. Już po południu tego dnia flota japońska przechodząca przez cieśninę San Bernardino na Filipinach została dostrzeżona przez okręt podwodny, przez co Amerykanie uzyskali wcześnie informację o jej zamiarach.