Wody Uganda, dzięki płynącej przez ten kraj rzece Nil, leży w obszarze zlewiska Morza Śródziemnego. Głównymi rzekami kraju są Katonga i Mayanja, oraz wypływający z Jeziora Alberta - Nil Alberta. Nil Alberta jest rzeką, która jako Nil Górski na obszarze Sudanu wpada do Nilu Białego. 260px|right|thumb|Jezioro Wiktorii Wyżyna Wschodnioafrykańska jest rozcięta wypływającym z Jeziora Wiktorii - Nilem Wiktorii. Rzeka ta płynąc na północ, rozlewa się tworząc otoczone bagnami jezioro Kioga o powierzchni 1 216 km². Jezioro to jest głębokie na zaledwie trzy metry i cechuje się zmiennymi stanami wód. Nil Wiktorii wypływa z jeziora Kioga i po drodze tworzy dwa wodospady: Karuma Falls i Murchison Falls. Nil Wiktorii spływa na dno Rowu Środkowoafrykańskiego i wpada do Jeziora Alberta.
Uganda jest bardzo zasobna w jeziora. Największym z nich poza Jeziorem Wiktorii jest Jezioro Alberta, które leży na dnie rowu tektonicznego, na granicy Ugandy i Demokratycznej Republiki Konga. Ma powierzchnię 5600 km², a jego głębokość maksymalna wynosi 58 m. Lustro wody leży na wysokości 619 m n.p.m. Do innych dużych jezior Ugandy należą: Jezioro Edwarda, leżące w Rowie Środkowoafrykańskim, mające powierzchnię 2150 km², oraz Jezioro Jerzego leżące w pobliżu Jeziora Edwarda, o powierzchni lustra 470 km².