Sieć rzeczna kraju jest zasobna w wody. Uganda posiada gęstą sieć rzek na południu, gdzie wszystkie rzeki są stałe. Na północy cieków wodnych jest mniej, a większość wód cechuje się dużymi wahaniami stanów wód. W północno-wschodniej części kraju, rzeki mają charakter okresowy, z których część spływa do bezodpływowego Jeziora Rudolfa.
400px|left|thumb|Sawanna w północno-wschodniej części kraju.
Gleby W Ugandzie przeważają gleby ferralitowe, a w dolinach rzek gleby glejowe, zwane też glejsolami. W południowo-zachodniej części kraju występują przeważnie tropikalne żółtoziemy - arkisole. Wszystkie te rodzaje gleb mają niski poziom żyzności. Najżyźniejsze gleby Ugandy to czerwonej barwy nitosole, które uformowały się na młodych skałach wulkanicznych. Gleby te zajmują niewielką część Ugandy. Są to przede wszystkim stoki wygasłego wulkanu Elgon, a poza nim gleby te występują w dolinie Nilu Alberta.