Jako student działał w duszpasterstwie akademickim, a po ukończeniu studiów za namową duszpasterza akademickiego Aleksandra Zienkiewicza dołączył do Klubu Inteligencji Katolickiej. Wraz z Maciejem Ziębą organizował Tygodnie Kultury Chrześcijańskiej, w ramach których wykładali czołowi opozycjoniści. W tym czasie Służbę Bezpieczeństwa intensywnie go inwigilowała przez co najmniej trzy lata, traktując jego mieszkanie jako punkt kontaktowy i podziemną melinę. Jego wrocławskie mieszkanie stało się wręcz hotelem KIKu, gościli tam m.in. Władysław Bartoszewski, Krystyna Łoś czy Tadeusz Mazowiecki. SB założyło podsłuch nawet u matki Józefa w Jeleniej Górze. Już po rozpoczęciu stanu wojennego SB zatrzymała go ponieważ w liście do matki napisanym po węgiersku skrytykował uspokajającą wypowiedź prymasa, zaś list ów został przechwycony przez funkcjonariuszy aparatu bezpieczeństwa pomimo wysłania go nie pocztą, a przez posłańca. Józef Puciłowski był wtedy na pierwszym roku nowicjatu w zakonie Dominikanów.