W 1809 burmistrz Żychliński wzywał proboszcza Marcina Szremowicza do wydania kluczy do kościółka św. Wawrzyńca, który miał zostać przeznaczony na skład siana. Władze miasta ponownie zażądały wydania kluczy do kościoła w 1813. Około 1811 w kościele św. Wawrzyńca zaprzestano odprawiania nabożeństw, a najprawdopodobniej jeszcze przed 1827 został on rozebrany.
W XIX wieku powierzchnia cmentarza powiększała się. Oprócz zwykłych parafian chowani byli na nim kapłani i osoby konsekrowane, powstańcy, burmistrzowie, członkowie władz miejskich, osoby zasłużone dla społeczności lokalnej.
W 1874 r. za probostwa księdza kanonika Ignacego Górskiego ogrodzono cmentarz parkanem. Staraniem kolejnego proboszcza, księdza kanonika Edwarda Narkiewicza ukończono budowę nowej neogotyckiej kaplicy cmentarnej pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego, którą poświęcono 9 sierpnia 1908 roku.
2 września 1939 r. samoloty niemieckie zbombardowały stojący na dworcu kolejowym w Kole pociąg z ludnością polską ewakuowaną z Krotoszyna, Leszna i Jarocina. Na skutek bombardowania zginęło ponad 200 osób. Ofiary nalotu pochowano na kolskim cmentarzu w zbiorowej mogile. Podczas II wojny światowej w grobowcach na cmentarzu ukrywano broń, zakazane dla Polaków rowery i często także ludzi uciekających przed okupantem.