Część wiernych jednak nadal praktykowała prawosławie (bractwo cerkiewne prawdopodobnie istniało jeszcze w 1752).

W 1785 w Lublinie pojawili się nowi wyznawcy prawosławia – kupcy greccy, którzy otrzymali od króla Stanisława Augusta pozwolenie na budowę cerkwi (pod wezwaniem Narodzenia Bogurodzicy) przy ulicy Zielonej (obecnie jest to rzymskokatolicki kościół św. Jozafata). Do nowo powstałej parafii dołączyli zamieszkujący Lublin Rusini.

Po III rozbiorze Polski (1795), sytuacja prawosławnych i unitów w Lublinie – mimo zmian przynależności państwowej (Cesarstwo Austriackie, Księstwo Warszawskie, zależne od Rosji Królestwo Polskie) – przez kilkadziesiąt lat nie uległa zasadniczym zmianom. Dopiero po powstaniu styczniowym władze carskie postanowiły zlikwidować unicką diecezję chełmską. Rozpoczęto usuwanie wpływów łacińskich z obrzędowości i wystroju świątyń;