Mimo namów ze strony biskupów Iszaja Szymon XXIII nie podjął z powrotem swych obowiązków i w 1975 został w niejasnych okolicznościach zamordowany w San Jose.
Punktem zapalnym schizmy i jej bezpośrednią przyczyną stała się kwestia kalendarza kościelnego. W 1964, szukając porozumienia z rosnącym w siłę Kościołem chaldejskim, patriarcha Iszaja Szymon XXIII wprowadził w Kościele Wschodu kalendarz gregoriański. Przeciwko tej decyzji ostro zaprotestowała wewnątrzkościelna opozycja, której przewodził wówczas metropolita Indii Thoma Darmo. W odpowiedzi, 10 stycznia 1964, patriarcha zasuspendował metropolitę.
W 1968 metropolita Darmo przyjechał do Bagdadu i spośród opozycyjnych księży w ciągu miesiąca wyświęcił trzech biskupów. Biskupi ci następnie utworzyli synod, który obrał metropolitę patriarchą pod imieniem Tomasza II. W ten sposób powstał nowy Kościół, który od razu zdobył poparcie władz irackich, dążących do rozbicia solidarności chrześcijan w tym kraju. Władze Iraku odebrały świątynie dotychczasowym dysponentom i przekazały je nowemu Kościołowi. Dopiero w 1970, po zmianie kursu wobec chrześcijan, kościoły zostały zwrócone Kościołowi Wschodu.