Drugie aresztowanie i śmierć W 1645 Atanazy został ponownie aresztowany pod zarzutem zdrady państwa. Z więzienia wystosował pismo do króla Władysława IV, wzywając go do likwidacji unii, rozwiązania zakonu jezuitów, zawarcia małżeństwa z córką cara i zwrócenia się do patriarchów konstantynopolitańskiego, aleksandryjskiego, antiocheńskiego, jerozolimskiego i moskiewskiego z prośbą o modlitwę w intencji swojego ojca Zygmunta III Wazy. Ostatecznie zwolniono go i przekazano pod osobisty nadzór metropolity kijowskiego. Król Władysław IV, pod wrażeniem lektury jego listu, uznał go bowiem za nieszkodliwego. Zgodził się nawet na spotkanie z nim, czego domagał się ihumen, jednak pod wpływem senatorów zmienił decyzjęT. Hodana, Między królem..., s. 188.. Według niektórych źródeł Atanazy został aresztowany jako zakładnik za Jana Faustyna Łubę, który w tym samym czasie został wysłany do Moskwy.