Wkrótce potem dzięki mediacji arcybiskupa Trewiru Filip i Wilhelm zawarli pokój, w którym Filip zobowiązał się do zapłaty Wilhelmowi 120 tys. florenów węgierskich.
Po porozumieniu z Filipem Dobrym, Wilhelm powrócił do Saksonii, gdzie doprowadził do jej podziału z bratem, elektorem Fryderykiem II Łagodnym w 1445 r. Uzyskał wówczas zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami Turyngię z tytułem landgrafa. Jednak mimo oficjalnego zatwierdzenia tego podziału przez króla Niemiec Fryderyka III Habsburga między braćmi doszło już w 1446 r. do wojny, która trwała do 1451 r.
Wojna domowa w Saksonii bardzo nadszarpnęła finansową sytuację Wilhelma. Także Filip Dobry ociągał się z zapłatą obiecanej sumy za odstąpienie od roszczeń do Luksemburga. W czerwcu 1446 r. doszło do ślubu Wilhelma z obiecaną mu wcześniej Anną Habsburżanką. Małżeństwo to było jednak nieszczęśliwe, a w 1457 r. Anna została przez Wilhelma odsunięta i uwięziona, a on sam żył z kochanką Katarzyną von Brandenstein;