Po 1944 r., gdy Niemcy zostali wyparci z regionu przez ofensywę radziecką, Jelínek wystawiał fałszywe dokumenty osobom prześladowanym przez NKWD.
W kwietniu 1945 Jelínkowie wraz z wojskiem dostali się do Pragi, po wyzwoleniu osiedlili się w wiosce Oráčov w powiecie Rakovník. Jan Jelínek objął posługę księdza w parafii w Podbořanach. Z ramienia Ministerstwa Spraw Zagranicznych Republiki Czechosłowackiej pomagał Czechom w powrocie z Polski i Ukrainy do ojczyzny. Za pomocą fałszywych aktów urodzenia (z pieczątką Rady Kościelnej Parafii Ewangelicko-Reformowanej w Kupiczowie) uchronił rosyjskich emigrantów przed zesłaniem do sowieckich gułagów.
Ponieważ nie zgadzał się z komunistycznym reżimem, nie wspierał zakładania Zjednoczonych Spółdzielni Rolniczych (JZD) i w 1952 odmówił współpracy z Státní bezpečnost (aparatem bezpieczeństwa Czechosłowackiej Republiki Socjalistycznej), został aresztowany 10 stycznia 1958 na trzy miesiące, a 6 kwietnia 1958 skazany na dwa lata więzienia za działania wywrotowe. Karę odbył w obozie pracy w Rtyně v Podkrkonoší, gdzie pracował jako górnik wraz z innymi duchownymi ewangelickimi, rzymskokatolickimi i Świadkami Jehowy. Podczas pracy w kopalni doznał poważnego urazu kręgosłupa.