Po wyjściu na wolność nie mógł przebywać w kraju karlowarskim, w związku z czym nie powrócił do Oráčova. Dzięki pomocy przyjaciół zatrudniono go w fabryce farb i lakierów w Pradze. Pozostał tam aż do emerytury w 1972, po czym mógł ostatecznie wrócić do Oráčova. Po długich staraniach uzyskał pozwolenie władz państwowych na pracę jako pastor pomocniczy w pobliskich Podbořanach, jednak bez prawa do wynagrodzenia. Kazania wygłaszał do 2005, czyli do 93. roku życia. W większości z własnych oszczędności wyremontował kościół ewangelicki w Oráčovie.
Jan Jelínek spisał swoje wspomnienia w wydanej własnym nakładem książce pt. Pouštěj chléb svůj po vodě, co jest cytatem z księgi Kaznodziei Salomona: „Rozdawaj swój chleb w obfitości” (Kazn. 11;1).
Wołyńscy Czesi, a za nimi także czeskie i polskie media jeszcze za życia nazwały go mianem czeskiego Schindlera.
Jan Jelínek zmarł 3 grudnia 2009 w Pradze, dziewięć miesięcy po śmierci żony, por. Anny (marzec 2009).