W otwierających sezon 2011/2012 Pucharu Świata zawodach w Ruce zajął 9. miejsce. Kolejny konkurs, 3 grudnia 2011 w Lillehammer, ukończył na drugiej pozycji, tym samym po raz pierwszy w karierze zajmując miejsce na podium PŚ. 11 grudnia odniósł swoje pierwsze zwycięstwo: na skoczni w Harrachovie wyprzedził Austriaka Thomasa Morgensterna i swojego rodaka Severina Freunda. Przez cały sezon regularnie zajmował miejsca w najlepszej dziesiątce. Po raz kolejny na podium stanął w Zakopanem, dwukrotnie: 20 i 21 stycznia 2012 zajmując drugie miejsce.
W lutym wystąpił na Mistrzostwach Świata w Lotach Narciarskich 2012 w Vikersund. Indywidualnie zajął 9. miejsce, zaś w zawodach drużynowych reprezentacja Niemiec, w której obok Freitaga wystartowali również Andreas Wank, Maximilian Mechler i Severin Freund, zdobyła srebrny medal. Sam Freitag dwukrotnie poprawiał w nich swój rekord życiowy, w drugiej serii ustanawiając skokiem na 230 metrów nowy rekord Niemiec. 8 marca 2012 w Trondheim po raz czwarty w sezonie zajął 2. miejsce w zawodach Pucharu Świata. Sezon zakończył na 6. miejscu klasyfikacji generalnej z 1031 punktami.
Sezon 2012/2013 W Letnim Grand Prix 2012 trzykrotnie zajmował lokaty w pierwszej dziesiątce, najwyżej klasyfikowanym będąc na 5. miejscu.