Jednak wcześniejszy spór z Janem VIII stał się podstawą oskarżeń wysuniętych podczas Synodu trupiego.

Według historyka Liutpranda z Cremony z X wieku, Stefan VI zapytał zwłoki Formozusa, dlaczego po śmierci Jana VIII „uzurpował sobie powszechną stolicę rzymską w takim duchu ambicji”, powtarzając własne twierdzenie Jana VIII, że Formozus próbował przejąć tron papieski za jego życia. Formozus, nieżywy od kilku miesięcy, nie mógł odpowiedzieć. Na Synodzie Zwłok Formozusowi postawiono także dwa dalsze oskarżenia: że dopuścił się krzywoprzysięstwa i próbował sprawować urząd biskupa jako osoba świecka. Są one powiązane z przysięgą, którą Formozus złożył podobno przed w 878 roku.

Bezpośredni kontekst Powszechnie uważa się, że Synod trupi miał podłoże polityczne. Formozus koronował Lamberta ze Spoleto na współwładcę Świętego Cesarstwa Rzymskiego w 892; Ojciec Lamberta, Gwido III ze Spoleto, został wcześniej koronowany przez Jana VIII. W 893 Formozus, najwyraźniej zdenerwowany agresją Gwido, zaprosił Karolingów, Arnulfa z Karyntii, do inwazji na Włochy i otrzymania korony cesarskiej. Inwazja Arnulfa zakończyła się niepowodzeniem, a Gwido III wkrótce potem zmarł.