Wkrótce jednak zwłoki ponownie ekshumowano, przywiązano do nich ciężarki i wrzucono do Tybru.
Następstwa Makabryczny przebieg wydarzeń wywołał zamieszki przyczynił się do zwrócenia opinii publicznej w Rzymie przeciwko Stefanowi VI. Ciało Formozusa zostało wyrzucone na brzeg Tybru, a krążyły plotki, że jego nasiąknięte wodą, rozkładające się zwłoki nadal dokonują cudów. Publiczne powstanie usunęło Stefana z urzędu i uwięziło go. Został uduszony w więzieniu w lipcu lub sierpniu 897 r.Klaus-Rudiger Mai, Watykan. Mroczna historia światowej potęgi. Katowice 2011, s. 178.
W grudniu 897 r. papież Teodor II (897) zwołał synod, który unieważnił Synod trupi, zrehabilitował Formozusa i nakazał ponowne pochowanie jego ciała wyłowionego z Tybru w Bazylice św. Piotra w . W 898 r. Jan IX (898–900) również unieważnił Synod trupi, zwołując jeden synod w Rzymie, a drugi w Rawennie. Obydwa synody, które podtrzymały ustalenia synodu Teodora II, nakazały zniszczenie akt Synodu trupiego, ekskomunikowały siedmiu kardynałów biorących udział w Synodzie trupim i zakazały przeprowadzania jakiegokolwiek procesu przeciwko zwłokom w przyszłości.