Arnaldi twierdzi, że to Gwido IV, który wkroczył do Rzymu wraz z Lambertem i jego matką Angiltrudą w styczniu 897 roku, był tym, który dał impuls do zwołania synodu.
Synod Prawdopodobnie około stycznia 897 r., Stefan VI nakazał wyjęcie z grobu zwłok swojego poprzednika Formozusa, przyodzianie w szaty pontyfikalne i przewiezienie ich przed papieski trybunał na sąd. Po umieszczeniu zwłok na tronie wyznaczono diakona, który miał odpowiadać w imieniu zmarłego papieża.
Formozusowi zarzucono przenoszenie się między stolicami biskupimi wbrew prawu kanonicznemu, krzywoprzysięstwo i pełnienie funkcji biskupa, będąc w rzeczywistości osobą świecką. Według Liutpranda Stefan VI powiedział: „Gdy byłeś biskupem Porto, dlaczego w takim duchu ambicji uzurpowałeś sobie powszechną rzymską stolicę?”
Ostatecznie zwłoki Formozusa uznano za winne. Liutprand z Cremony i inne źródła podają, że po zdjęciu z ciała papieskich szat, Stefan odciął trzy palce prawej ręki (palce błogosławieństwa), a następnie formalnie unieważnił wszystkie działania i święcenia dokonane przez Formozusa (w tym jego święcenie Stefana VI na biskupa Anagni). Ciało poćwiartowane, ubrano w strój świecki i szybko pochowano na cmentarzu dla cudzoziemców.