Doszło do antyosmańskiego powstania ludowego, które w następnym roku stłumił Turahan Bey.
Według ksiąg podatkowych z lat 1431/32, Argiri, jak nazywano miasto po turecku, liczyło łącznie 163 domy. W 1583 r. naliczono już 434 domy. Choć miasto w 1466 roku utraciło status głównego miasta sandżaku na rzecz Beratu, pozostało siedzibą administracji (kadi). W 1670 roku osmański podróżnik Evliya Çelebi naliczył w mieście ponad 2000 domów. W 1811 r. albański możnowładca Ali Pasza z Tepeleny włączył miasto do terytorium znajdującego się pod jego kontrolą, aż do czasu, gdy sułtan Mahmud II odbił Gjirokastrę w 1822 r. Za panowania Ali Paszy zamek znacznie rozbudowano, wybudowano także dziesięciokilometrowy akwedukt.
Po upadku Imperium Osmańskiego miasto, podobnie jak cały północny Epiru, było przedmiotem zaciekłych sporów między Albanią a Grecją. W 1914 r. mniejszość grecka z południowej Albanii właśnie w Gjirokastrze ogłosiła niepodległość Autonomicznej Republiki Północnego Epiru, ale inicjatywa ta zakończyła się niepowodzeniem i w 1925 roku Grecja wycofała wszelkie roszczenia terytorialne wobec Albanii.