W 1580 roku Stężycę zniszczył wielki pożar. W związku ze skalą strat Stefan Batory zwolnił miasto na sześć lat od podatków, ceł, danin i podwód. W 1581 roku monarcha potwierdził dla Stężycy przywilej de non tolerandis Judaeis, ograniczający możliwość osiedlania się i działalności gospodarczej ludności żydowskiej w mieście.
W 1582 roku starostą stężyckim został Mikołaj Zebrzydowski. Starostwo obejmowało wówczas miasto i 30 wsi. W 1585 roku, w związku z objęciem przez Zebrzydowskiego starostwa krakowskiego i obowiązującą zasadą incompatibilitas, większość dóbr stężyckich – 25 wsi – wydzielono do nowej tenuty ryckiej. Oznaczało to znaczne uszczuplenie zaplecza majątkowego starostwa stężyckiego. W 1588 roku starostwo przejął Marcin Trojanowski, wcześniej pełniący funkcję surogatora; pozostawał starostą do 1623 roku.
XVII wiek W latach 1606–1607 Stężyca należała do ważnych miejsc związanych z rokoszem Zebrzydowskiego. W 1606 roku pojawili się tu przedstawiciele opozycji wobec Zygmunta III Wazy, a w maju 1607 roku Zebrzydowski ponownie zgromadził pod Stężycą zwolenników rokoszu.