Lustracja z lat 1663–1664 odnotowała, że w miejscu zniszczonego zamku wzniesiono nową izbę przeznaczoną na kancelarię grodzką.
Stratom wojennym towarzyszyły epidemie z lat 1656–1658 oraz wielka powódź w czerwcu 1662 roku.
XVIII wiek Szczególnie dotkliwym zagrożeniem dla miasta były zmiany koryta i wylewy Wisły. W 1737 roku rzeka zaczęła podmywać zabudowania franciszkańskie, natomiast podczas wielkiej powodzi 20 czerwca 1749 roku zawaliły się podmyte kościół i klasztor. Woda zniszczyła również część portu, komorę celną i pola uprawne oraz zagroziła gotyckiemu kościołowi parafialnemu.
Zmiany nurtu Wisły prowadziły stopniowo do niszczenia południowej części dawnego miasta lokacyjnego. Współcześnie zachowany układ pomiędzy ulicami Podwale, Senatorską i Królewską odpowiada jego części północnej. Według dokumentacji konserwatorskiej południowa część miasta wraz z dawnym rynkiem została w XVIII wieku pochłonięta przez Wisłę. W rejonie skrzyżowania ulic Królewskiej i Senatorskiej zachowały się natomiast relikty wcześniejszego, przedlokacyjnego układu targowego.