Tereny obecnego miasta Czerniejewa były zasiedlone już w czasach prehistorycznych. W obrębie historycznego układu urbanistycznego Czerniejewa zostały udokumentowane stanowiska archeologiczne oraz nawarstwienia kulturowe, rozpoznane w trakcie badań terenowych, zarówno powierzchniowych, jak i prac archeologicznych prowadzonych podczas różnych inwestycji. Z badań tego terenu wynika, że obszar ten charakteryzuje się intensywnym osadnictwem – najstarsze ślady działalności ludzkiej pochodzą z epoki kamienia – mezolitu (ok. 8000–4500 p.n.e.) i neolitu (ok. 4500–1900 p.n.e.). Kolejnym horyzontem osadniczym była epoka brązu i początek epoki żelaza, skąd pochodzą ślady pobytu ludności kultury łużyckiej. (około 1800 – 500 r. p.n.e.). Proces intensywnego rozwoju osadnictwa przepadał na okres wczesnego średniowiecza (faza D-F, 950-1350 r.). Od czasów wczesnego średniowiecza osadnictwo w obrębie dzisiejszego Czerniejewa funkcjonowało poprzez późne średniowiecze, aż po czasy nowożytne i współczesne.