Od stycznia 2003 do kwietnia 2012 była redaktorką naczelną Tok FM. Na antenie Tok FM prowadziła programy: Kochaj się długo i zdrowo (razem z Andrzejem Depką), Zmiana mentalności (razem ze Zbigniewem Miłuńskim), Subiektyw i Mediacje. Pod jej kierownictwem Radio Tok FM otrzymało tytuł Stacji Roku 2008 w plebiscycie miesięcznika Media&Marketing. Była wśród 100 najbardziej wpływowych Polaków tygodnika Wprost w 2011 roku.
Od września 2012 do marca 2013 prowadziła cykl Kobiecy punkt widzenia, który był emitowany w ramach porannego pasma TVP2 – Pytanie na śniadanie. Od 5 listopada 2012 do 29 kwietnia 2013 razem z Andrzejem Depką, prowadziła poniedziałkową audycję Kochaj się w Radiowej Jedynce.
Od 1 maja 2013 do 14 września 2015 była redaktorką naczelną i dyrektorką programową Polskiego Radia RDC. W tej samej stacji od września 2013 do maja 2015 razem z Andrzejem Depką prowadziła wtorkowy program Depko i Wanat o seksie, była też gospodynią piątkowego Poranka RDC. We wrześniu 2015 została zwolniona dyscyplinarnie z radia RDC. W lutym 2016 sąd pracy orzekł, że dyscyplinarne zwolnienie Ewy Wanat z funkcji dyrektorki i redaktorki naczelnej RDC było niewłaściwe.