Kontynuację budowy przerwał wybuch II wojny światowej.
Okres wojny i odbudowy po niej (1939–1947) Działania wojenne we wrześniu 1939 spowodowały zniszczenia infrastruktury i taboru EKD – wagonów używano m.in. do budowy barykad w Warszawie. Pracownicy przedsiębiorstwa pomagali w budowaniu barykad oraz bronili stolicy. Organizowano komórki ruchu oporu, które prowadziły przerzut broni, wywiad i kontrwywiad. Dzięki ich działaniom również w listopadzie 1939 przywrócono ruch EKD na odcinku warszawskim.
W czasie okupacji przymusowo wyznaczony został zarządca z kolei niemieckich, ale kierownictwo wykonawcze pozostało w rękach polskich, co pozwoliło m.in. na zatrudnianie ukrywających się osób. Personel EKD liczył wówczas trzy razy więcej osób niż wynikało to z zapotrzebowania, a umundurowanie kolejarskie chroniło przed zatrzymaniami i wywozem. Pracownicy chronili ponadto pasażerów ostrzegając ich przed rewizjami bądź łapankami w pociągach.