Na przełomie lat 1940 i 1941 rozpoczęto rozbudowę zaplecza technicznego, a w 1942 powołany został nowy okupacyjny zarządca kolei dojazdowych w Warszawie, który zaczął wprowadzać usprawnienia typowe dla niemieckiego systemu gospodarowania. 1 sierpnia 1944, przed rozpoczęciem powstania warszawskiego, EKD przerwały łączność ze stolicą ograniczając przewozy tylko do odcinka z Grodziska do Podkowy Leśnej. Podczas akcji masowego wywożenia mieszkańców Warszawy pociągami EKD ewakuowano do obozu przejściowego w Pruszkowie sporą grupę osób.
Pod koniec 1944 Niemcy rozpoczęli niszczenie mienia EKD. Dzięki sabotażowi pracowników przedsiębiorstwa majątek został wywieziony tylko w niewielkiej części. Ze względu na szybki odwrót wojsk nie zniszczono całej linii. Dzień przed wyzwoleniem Warszawy EKD całkowicie wstrzymały ruch pociągów z uwagi na wysadzenie przez Niemców elektrowni w Pruszkowie.
W 1944 Polski Komitet Wyzwolenia Narodowego określił, że wszystkie koleje użytku publicznego będące własnością prywatną zostaną przejęte przez państwo. Pod koniec stycznia 1945 Ministerstwo Komunikacji powołało Tymczasowy Zarząd Państwowy, w którego skład weszli przedstawiciele EKD.