Na przełomie lat 60. i 70. dokonano wielu remontów na linii WKD – przebudowano perony, zmodernizowano torowisko i zbudowano nowe podstacje trakcyjne. Te wszystkie zmiany miały na celu przygotowanie linii na nowe składy typu 101N, które docierały do Grodziska między 1969 a 1972 i mogły zabierać ponad dwa razy więcej pasażerów od składów EN80.
1 lutego 1989 WKD zrezygnowała z obsługi konduktorskiej pociągów na linii, co w parze z niską dbałością o kontrolę biletów spowodowało wyraźny spadek przychodów z tytułu opłat za przejazdy.
W połowie lat 90. XX w. PKP postanowiły wyodrębnić WKD ze swoich struktur i 1 lutego 1994 utworzony został Zakład Eksploatacji Linii WKD w Grodzisku Mazowieckim. W tym czasie dokonano restrukturyzacji zatrudnienia.
Okres spółki (od 2000)
8 września 2000 na mocy ustawy zdecydowano o komercjalizacji, restrukturyzacji i prywatyzacji PKP, których zarząd 16 listopada zdecydował o przekształceniu WKD w spółkę-córkę zależną PKP. 22 grudnia 2000 została utworzona spółka z ograniczoną odpowiedzialnością o nazwie PKP Warszawska Kolej Dojazdowa z własnym zarządem i budżetem, która rozpoczęła działalność 1 lipca 2001.