1 lutego 2002 wprowadzono istniejący do dziś podział na strefy biletowe.
W 2004 r., chcąc wzmocnić pozycję samorządów w prowadzonych negocjacjach dotyczących przejęcia WKD od PKP przez podmiot zewnętrzny Urząd Marszałkowski Województwa Mazowieckiego przekazał kolejce skład serii EN95.
28 maja 2016 po wcześniejszych pracach przygotowawczych zmieniono napięcie w sieci trakcyjnej z „tramwajowego” 600 V na „kolejowe” 3000 V. Wymusiło to wycofanie taboru serii EN94.
W latach 2010–2016 park taborowy, złożony dotychczas z serii EN94 i jednego składu EN95, wymieniono na jednostki serii EN97 i EN100
W 2016 r. zakupiono 6 nowych elektrycznych zespołów trakcyjnych, zainstalowano system informacji pasażerskiej i monitoringu oraz urządzenia samoczynnej sygnalizacji przejazdowej, dokonano napraw torowiska, zamontowano urządzenia do przeglądu i obsługi zespołów trakcyjnych w hali naprawczej oraz zmodernizowano obiekty małej infrastruktury przystankowej na wszystkich 45 obiektach peronowych. Koszt inwestycji wyniósł 146 mln zł, z czego ponad 76 mln zł pochodziło ze środków Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy.