Po wyeliminowaniu Galatasaray SK w ćwierćfinale, Mourinho został drugim po sir Alexie Ferguson trenerem, który dotarł siedem razy do półfinału tych rozgrywek. Po losowaniu półfinałowych par drużyna ponownie trafiła na Borussię. W pierwszym meczu w Dortmundzie do przerwy drużyna Mou remisowała 1:1. Druga połowa była najgorszym europejskim występem w karierze Mourinho, Real przegrał 4:1, a wszystkie bramki dla gospodarzy zdobył Robert Lewandowski. W rewanżu 24 kwietnia, po niewykorzystaniu trzech sytuacji na początku spotkania, drużyna zdobyła pierwszego kontaktowego gola dopiero w 82. minucie, a drugiego sześć minut później. Zwycięstwo 2:0 nie wystarczyło do „Remontady”, czyli odrobienie strat z pierwszego spotkania, Real odpadł po półfinale trzeci rok z rzędu. 17 maja 2013 Real rozegrał na Bernabeu derbowe spotkanie z Atlético Madryt w finale Pucharu Króla. Po golu Cristiano Ronaldo w 13. minucie, Atlético wyrównało w 35. minucie, Real jeszcze trzy razy trafił w słupek, ale gola już nie strzelił. W 75. minucie za dyskusje sędzia wyrzucił Mourinho do szatni. Atlético zdobyło dający zwycięstwo gol na 2:1 w dogrywce, a Real dokończył mecz w osłabieniu po czerwonej kartce Ronaldo. Zdaniem Mourinho był to najsłabszy sezon w jego karierze, zakończony zdobyciem jednego „małego” superpucharuMourinho: „Worst season of my career”. marca ..
Chelsea