Tutaj Indy przedziera się przez szwadrony nazistów i dociera do głównego pomieszczenia w sterowcu, aby odzyskać Berło i uratować przyjaciół. Niestety nie udaje mu się to – Kingston zostaje zastrzelony osłaniając go przed kulą, a Magnus używa mocy Berła aby przenieść się, Indy’ego i Maggie na dno morskie – wody morza rozstępują się przed nimi. Dalej następuje pościg za Magnusem na motorze, pod koniec którego Indy odbiera Magnusowi Berło, jednocześnie spychając go w otchłań. Kiedy Indy i Maggie przedostają się na suchy ląd, Indy zamyka morze, zatapiając tym samym Odina.
Gra kończy się chwilą romantycznego pocałunku, podczas gdy laska Mojżesza zamienia się w węża i wyrusza w swoją drogę.
Wersja na Nintendo DS Gra zaczyna się już w San Francisco, gdzie Indy poszukuje Archiego Tana. Przyjaciel Tana, Loo Sing, informuje Indy’ego, że Archie został porwany przez Tongów. Suzie Tan pomaga Indy'emu odnaleźć wskazówki zostawione przez Archiego i dzięki nim Indy odnajduje ukryte przejście za gongiem w tawernie Lao Che, które prowadzi go do statku – Gwiazdy Orientu. Znajduje tam Nefrytową Sferę, a następnie dzięki podstępowi udaje mu się uwolnić Archiego i uciec Tongom na dachu tramwaju linowego. Archie oznajmił Indy'emu, że to Kingston polecił mu ukryć Sferę.