Indy zdecydował się więc wyruszyć do Panamy.

W drodze do Świątyni, Indy poznaje Maggie O’Malley i jest zmuszony podjąć walkę na łodzi z nazistami, którzy chcą przejąć Sferę. Udaje mu się jednak dostać do Świątyni i odnaleźć notatki Kingstona. Tuż po ich przejrzeniu pojawia się Magnus i Indy jest zmuszony je zniszczyć.

Indy wyrusza do Paryża w poszukiwaniu tajemniczego „Pasterza” opisanego w notatkach Kingstona. W katakumbach pod miastem odnajduje tajemne przejście do Rzymskich rejonów miasta, gdzie ukryto grobowiec „Pasterza”. Rozwiązując zagadkę na grobowcu, Indy odkrywa, że Berło jest w Himalajach. Po wydostaniu się z katakumb, wsiada z Maggie do Orient Expressu i stacza kolejną walkę z nazistami na dachu pociągu. Udaje mu się odłączyć wszystkie wagony poza swoim, co powinno opóźnić Magnusa.