Począwszy od tego czasu Barks stworzył scenariusze do jeszcze 33 animacji, m.in. do takich dzieł jak Donald's Nephews (1938), Donald's Cousin Gus (1939), Donald's Lucky Day (1939), Donald's Vacation (1940), oraz Donald Gets Drafted (1942). 27 z nich powstało we współpracy z Jackiem Hannah.
6 listopada 1942 Carl Barks opuścił szeregi wytwórni Disneya. Powodem tej decyzji, prócz nieporozumień z kolegami z pracy, było również niezadowolenie rysownika z narzucanej mu przez kierownictwo, związanej z toczącą się II wojną światową, propagandowej wymowy filmów takich jak Donald Gets Drafted czy The Vanishing Private (1942). Począwszy od tego okresu poświęcił się on wyłącznie tworzeniu komiksów. W swoim pierwszym dziele, komiksie Pluto Saves the Ship (jeden z pierwszych komiksów Disneya wydanych w Stanach Zjednoczonych, przeznaczony do regularnego czasopisma komiksowegoWcześniejsze, m.in. drukowane w gazetach paski komiksowe Ala Taliaferro i Floyda Gottfredsona, nie ukazywały się jako osobne wydawnictwa), ograniczył się jedynie do napisania scenariusza (w czym pomogli mu Jack Hannah i Nick George), do drugiego, wydanego w październiku 1942 na łamach miesięcznika „Four Color”, liczącego 64 strony, komiksu Donald Duck Finds Pirate Gold, stworzył już rysunki.