19 listopada 1788 roku dekretem biskupa wileńskiego Ignacego Jakuba Massalskiego została erygowana parafia w Suwałkach. W 1799 roku została erygowana diecezja wigierska. W 1800 roku było 1184 mieszkańców w 216 domach. W 1801 roku Bernardyni odeszli, a parafię przejęli księża diecezjalni. W 1815 roku w Suwałkach ustanowiono siedzibę województwa augustowskiego. W listopadzie 1815 roku przez Suwałki przejeżdżał na koronację do Warszawy car Aleksander I, który widząc spróchniały kościół chylący się ku ruinie - polecił sfinansować budowę murowanego kościoła. W 1818 roku erygowano diecezję sejneńską. W 1818 roku burza zniszczyła kopułę i sygnaturkę kościoła. W latach 1818-1819 naprawiono uszkodzenia kościoła.
23 lipca 1819 roku Suwałki odwiedził Namiestnik Królestwa Polskiego gen. Józef Zajączek. W latach 1820–1826 zbudowano obecny murowany kościół, według projektu architekta Piotra Aignera, a równocześnie trwały starania o przeniesienie siedziby biskupa z Sejn do Suwałk. 14 września 1829 roku w nowym kościele odprawiono pierwszą mszę świętą. W 1834 roku stary kościół rozebrano. W 1837 roku utworzono gubernie augustowską. W latach 1843–1845 przeprowadzono generalny remont kościoła według projektu architekta Henryka Marconiego. 14 września 1845 roku biskup sejneński Paweł Straszyński konsekrował kościół pw. św. Aleksandra.