W 1856 roku dobudowano wieże kościelne. W 1867 roku utworzono guberne suwalską. W 1872 roku zakupiono murowany dom na plebanię. W 1881 roku po wschodniej stronie dobudowano kaplicę Zbawiciela Jezusa Chrystusa, a w 1883 roku po zachodniej stronie dobudowano kaplicę św. Anny. W 1886 roku w parafii było 12 525 wiernych. W 1888 roku dobudowano zakrystię.
22 października 1944 roku wycofujący się Niemcy zaminowali kościół - powodując poważne zniszczenia. Po wojnie kościół odbudowano, a w 1961 roku odbudowano wieże kościelne. W 1975 roku utworzono województwo suwalskie. 25 marca 1992 roku została erygowana diecezja ełcka, a następnie decyzją bpa Wojciecha Ziemby kościół pw. św. Aleksandra został podniesiony do godności konkatedry. 4 lipca 2002 roku wichura i deszcz uszkodziły kościół. W latach 2002–2003 kościół wyremontowano.