Główne rzeki to: Sungai Belait (32 km) – najdłuższa rzeka kraju, Sungai Tutong i Sungai Brunei w części zachodniej oraz Sungai Pandaruan i Sungai Temburong w części wschodniej – wszystkie uchodzą do Morza Południowochińskiego.
Słabo odwadniane nizinach rzek Sungai Belait i Sungai Tutong zajmują duże obszary bagien słodkowodnych i torfowych; w obszarach przybrzeżnych bagna namorzynowe.
Gleby W Brunei przeważają jałowe gleby tropikalne, w dolinach rzek i miejscowo na nizinach występują gleby aluwialne.
Flora i fauna Flora Dominującą formacją roślinną kraju jest wilgotny las równikowy, który zajmuje około 40% powierzchni kraju. Wybrzeże jest porośnięte przez lasy namorzynowe. W lasach występują przede wszystkim drzewa z rodziny dwuskrzydłowatych, zwłaszcza wiele damarzyków.
Fauna Fauna typowa dla Regionu Sundajskiego jest bardzo bogata. W lasach występują m.in. nosacze sundajskie, gerezy, gibbonowate, niedźwiedzie malajskie, sambary jednobarwne, łuskowce i nietoperze. Wśród ptaków wyróżniają się argusy malajskie i dzioborożce. W lasach i na bagnach spotkać można liczne gatunki gadów, m.in. pytony siatkowe.