w razie potrzeby zwoływano także sesje specjalne do Strasburga; Komitet Generalny – był najwyższym organem w czasie pomiędzy sesjami Zgromadzenia Ogólnego. Komitet rozplanowywał konferencje prasowe, wysyłał swoich członków (kadencja trwała 1 rok) na spotkania z szefami rządów, nadzorował prace Sekretariatu, wykonywał budżet oraz koordynował prace różnych komisji roboczych; Sekretariat – był organem wykonawczym ZENU. W skład Sekretariatu wchodzili: Sekretarz Generalny, Zastępca Sekretarza oraz personel biurowo-administracyjny; Komisje robocze – zbierały i porządkowały informacje, które następnie przedstawiały Zgromadzeniu Ogólnemu w formie statystyk i sprawozdań; Rezultaty prac komisji były następnie podstawą dla projektów rezolucji ZO ACEN. Początkowo istniało sześć komisji: Polityczna – głównym zadaniem była ocena stopnia sowietyzacji danego państwa; Prawna – sporządzała raporty dotyczące naruszenia praw człowieka przez ZSRR oraz dokonanej przez niego nielegalnej aneksji państw; Socjalna – poruszała kwestie związane z traktowaniem kobiet, prześladowaniami religijnymi i ludobójstwem; Gospodarcza – zajmowała się problemami w handlu Wschodu z Zachodem oraz nieprawidłowościami gospodarczymi; Informacyjna – ustalała stopień wolności informacji w państwach Bloku Wschodniego; Kulturalna – badała kulturowe aspekty