W 2000 roku SLK pierwszej generacji przeszedł modernizację, która polegała na pojawieniu się m.in. nowego przedniego i tylnego zderzaka, innych wkładów reflektorów, nowych wkładów lamp, uaktualnień w wyposażeniu pojazdu i dodatkowych kierunkowskazów montowanych w obudowach lusterek.
SLK 32 AMG W 2001 roku Mercedes przedstawił sportową wersję SLK 32 AMG. Zamontowano w niej jednostkę napędową z modelu SLK 320 wzbogaconą o kompresor i intercooler. Wariant oferowany przez AMG posiadał inne zderzaki, sportowy wydech zakończony dwoma końcówkami, oznaczenie „V6 Kompressor” na boku pojazdu, lotkę z tyłu, oraz specjalne wzory felg. Zmiany we wnętrzu obejmowały sportową kierownicę, zegary sygnowane przez AMG, oraz opcje wykończenia włóknem węglowym.
Samochód był oferowany jedynie z 5-biegową automatyczną skrzynią biegów, nie było możliwości zamówienia skrzyni manualnej. W SLK 32, po raz pierwszy zastosowano technologię „Speedshift”, opracowaną przez AMG, dzięki której biegi były zmieniane szybciej, a także możliwa była manualna zmiana biegów. Powstały jedynie 4333 sztuki tego modelu, w tym niemal 2100 zostało wysłanych do Stanów Zjednoczonych, a 263 do Wielkiej Brytanii.