Piastuje on także stanowisko specjalnego doradcy Wysokiego Komisarza ONZ ds. Praw Człowieka w sprawie Milenijnych Celów Rozwoju. Komisarzem mianującym go na to stanowisko był Sérgio Vieira de Mello. Po jego odejściu, Alston nadal doradza kolejnym Wysokim Komisarzom, między innymi Mary Robinson, Louise Arbour, oraz Navanethem Pillay. Od 1991 do 1998 roku przewodniczył Komisji ONZ ds. Praw Gospodarczych, Społecznych i Kulturalnych. Wcześniej, od roku 1987 do 1991, był pierwszym Sprawozdawcą Komisji. W 1993 roku Światowa Konferencja Praw Człowieka wybrała go na przewodniczącego pierwszego spotkania szefów i przewodniczących wszystkich urzędów i komisji zajmujących się prawami człowieka, w tym Europejskiego Trybunału Praw Człowieka, Afrykańskiej Komisji Praw Człowieka i Ludów oraz Komitetu Praw Człowieka ONZ. W roku 1988 został wyznaczony przez Sekretarza Narodów Zjednoczonych do przeprowadzenia reform w celu usprawnienia monitorowania praw człowieka. Efektem tej decyzji były kolejne raporty Alstona powstałe w latach 1989, 1993 i 1997. Miały one znaczący wpływ na kontynuowanie wysiłków Biura Wysokiego Komisarza ONZ ds.