Około piątego dnia od zachorowania objawy rzekomogrypowe przestają dominować i choroba osiąga drugą fazę.
We wczesnej fazie narządowej najbardziej wyrazistymi objawami stają się duszności, uogólnione obrzęki i skrajne osłabienie (niezdolność do przyjęcia pozycji innej niż leżąca). Utrzymuje się wysoka gorączka, w wyniku zajęcia ośrodkowego układu nerwowego może dojść do zaburzeń jego funkcjonowania (dezorientacja, drażliwość, zachowania agresywne), świadomość pozostaje jednak w pełni zachowana. Począwszy od ósmego dnia choroby, u prawie wszystkich pacjentów dochodzi do poważnych objawów krwotocznych, często wieloogniskowych (krwiste wymioty i stolec, krwawienia z nosa, dziąseł, narządów rodnych, trudne do opanowania krwawienia z miejsc wkłucia, skaza krwotoczna). Za istotny czynnik prowadzący do zwiększenia przepuszczalności ścian naczyń uważa się burzę cytokin. Objawy te zwiastują zbliżanie się późnej fazy narządowej. U niektórych pacjentów do zgonu może dojść już na tym etapie, między innymi wskutek znacznej utraty krwi.