Późna faza narządowa, typowo osiągana około trzynastego dnia choroby, w znacznej mierze wyklucza się z fazą rekonwalescencji, gdyż prawie zawsze prowadzi do śmierci: nie obserwuje się jej u znacznej większości późniejszych ozdrowieńców. Gorączka utrzymuje się lub wciąż wzrasta, słabo odpowiadając na leczenie, pojawiają się drgawki. Niekontrolowane namnażanie wirusów prowadzi do gwałtownie postępującej martwicy węzłów chłonnych, śledziony, wątroby, trzustki, nadnerczy, nerek i gonad; serce i płuca pozostają stosunkowo niezmienione. U kobiet w ciąży mogą występować spontaniczne poronienia. Osłabienie układu odpornościowego (patologiczna immunosupresja) skutkuje wtórnymi zakażeniami bakteryjnymi. Poważne zaburzenia świadomości są bardzo późnym objawem. Zaburzenia metaboliczne także narastają, obserwowane jest niedociśnienie i spadek objętości krwi krążącej. Wywiązuje się zespół rozsianego wykrzepiania wewnątrznaczyniowego i pacjent umiera we wstrząsie. Zejście śmiertelne zazwyczaj następuje do szesnastego dnia choroby, później pacjenci mają znaczne szanse na powrót do zdrowia.