Arka Przymierza Wewnątrz świątyni znajdowała się Arka Przymierza (hebr. ארון הברית, aron ha-brit), czyli obficie pozłacana skrzynia drewniana, na której wierzchu znajdowały się złote Cheruby (aniołowie), zakrywający arkę skrzydłami. Według chrześcijan, została zbudowana na pustyni przez Mojżesza na polecenie Boga, który miał podać dokładny sposób jej zbudowania. W Arce Przymierza przechowywano kamienne tablice z tekstem Dekalogu, które Mojżesz otrzymał od Boga na górze Synaj (Horeb). Przed umieszczeniem Arki w Świątyni Jerozolimskiej znajdowały się w niej jeszcze inne przedmioty (laska Aarona i naczynie z manną). Arka stała w specjalnym pomieszczeniu, zwanym Miejscem Najświętszym („Święte Świętych”), które było odseparowane od reszty świątyni specjalną zasłoną, za którą nie wolno było nikomu wchodzić oprócz arcykapłana o ściśle określonych porach roku.
Według opisu w 2 Księdze Machabejskiej prorok Jeremiasz ukrył Arkę Przymierza w grocie na Górze Nebo, po wschodniej stronie Jordanu. Część religijnych Żydów i niektórzy uczeni uważają, że kapłani jerozolimscy, na wieść o rychłym upadku miasta, ukryli arkę w tajemnej komnacie pod Wzgórzem Świątynnym. Ta komnata ma się znajdować pod muzułmańską Studnią Dusz.