Aktualnie Arka Przymierza uznawana jest za zaginioną – nie ma żadnych realnych dowodów na to, aby była ona przechowywana gdziekolwiek na Ziemi.
Święte Świętych znajdowało się prawdopodobnie na świętej skale, przykrytej dziś Kopułą na skale. Pod tą skałą jest jaskinia, zwana przez muzułmanów Studnią Dusz, która mogła w pewnych okresach stanowić skrytkę bezpieczeństwa dla arki. W świątyni wybudowanej przez Zorobabela, przebudowanej przez Heroda, w Miejscu Najświętszym znajdował się kamień podstawy (hebr. ewen szetija)International Standard Bible Encyclopaedia, Chicago: Howard-Severance Co., 1915, tom 5, s. 2934, 2938, 2939.Talmud babiloński, Joma 53b.. Król Salomon miał wyłożyć podłogę w Świątyni tarcicami jodłowymi. Jodła w tradycji judeo-chrześcijańskiej oznaczała cierpliwość i cnotę oraz symbolizowała odrodzenieMarek Żukow-Karczewski, Jodła – dumne drzewo, „AURA”, nr 2/1995 r..
Synagogi a Świątynia Synagogi, stanowiące miejsce modlitw, nigdy nie pełniły takich funkcji, jak Świątynia Jerozolimska, która była dla Żydów jedyną świątynią i jedynym miejscem, w którym można było składać ofiary ze zwierząt.