Armata 8,8 cm Flak 41 była bardziej skomplikowaną bronią i borykała się z problemami z amunicją, często blokowała się w niej łuska. Przeszła chrzest bojowy w Tunezji, ale z powodu problemów z obsługą i serwisem w warunkach polowych zaczęto używać jej wyłącznie w Niemczech, gdzie można było o nią lepiej dbać. Do sierpnia 1944 wyprodukowano tylko 157 egzemplarzy tej broni, a do zakończenia produkcji w styczniu 1945 linię produkcyjną opuściło zaledwie 318 sztuk. Armatę Flak 41 próbowano również zamontować na podwoziu czołgowym, jako samobieżne działo przeciwlotnicze. W 1941 roku zakłady Krupp zbudowały jeden taki pojazd, który jednak nigdy nie wszedł do służby.
W związku z wprowadzeniem nowej amunicji dla armaty 8,8 cm Flak 41, podjęto również próbę zaadaptowania armat 8,8 cm Flak 37 do zasilania nowym nabojem. Wyprodukowano jedynie krótką serię (13 sztuk) zmodernizowanych 8,8 cm Flak 37/41, jednak w wyniku problemów technicznych ostatecznie zarzucono ten pomysł.
Niektóre części armaty były wspólne dla różnych wersji i wiele z dział używanych w czasie wojny było w taki sposób naprawianych.